Dans son livre « Histoire des noms de lieux du Jura », Jean-Pierre Vuillemot donne les anciens noms de notre village :
Crotonacum, (Lassus et Taverdet : Crotonacus), Crotonay, Crothenay, Crotena. Les premières mentions datent de 850 et de 1154.
Ces différents noms dérivent de la racine grecque KRYPTOS qui signifie le creux, la grotte.
Commentaires de Vuilllemot : « Le village, situé au bord du plateau, domine la vallée de l’Ain, ce qui pourrait indiquer une liaison avec creux, au sens de vallée. Une grotte ou abri aurait pu exister sur le terrain transformé en carrière.
Mais KRYPTA a aussi le sens de tombeau. Crotenay comporte plusieurs tumulli ou tombelles qui s’étagent depuis le Néolithique (-6000) jusqu’au Haut Moyen-Age (800). Le village se trouve à proximité immédiate de la vaste nécropole des Moidons.
La terminaison NAY est intéressante car elle pourrait indiquer une idée de passage permettant d’éviter ou de traverser l’eau (marécage, ruisseau, rivière) sans difficulté. Sa base est la racine NA que l’on retrouve dans nager, navire.
Cependant, Crotenay pourrait aussi être le passage ou chemin boueux, à partir de KROTE (boue) employé au 12° siècle, par opposition aux terrains pierreux qui prédominent le secteur.
Selon Gérard Tavernet, KRYPTOS est passé en langue romane et a laissé de nombreuses traces dans les parlers régionaux : par exemple les Crots du Morvan sont des mares.
Montsogeon ou Montsaugeon peut être un mont sujet (sous-entendu du seigneur) donc non-libre à exploiter.
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